Attualmente, le indagini di follow-up sulla caduta del volo AH5017 dell'Air Algerie sono condotte sotto il controllo francese, le due scatole nere sono già state trovate e tutte le salme saranno trasportate in Francia.

Il 26 luglio, ora locale, gli addetti al peacekeeping dell'Onu con sede a Mali hanno scoperto la seconda scatola nera del volo AH5017. Secondo quanto illustrato dal portavoce dell'Ambasciata francese a Mali, la seconda scatola nera è stata portata nell'importante città militare Gao, a nord di Mali, e poi trasferita all'Ambasciata francese, con sede nella capitale Bamako. In fine, questi dati riguardanti il volo saranno trasportati a Parigi per essere analizzati.

Al momento, le indagini sul luogo della caduta dell'aereo sono sotto il controllo della parte francese. Le indagini approfondite si concentreranno sull'identificazione delle salme. Oltre agli esperti sulla sicurezza dell'aviazione francesi che lavorano già sul posto, un altro gruppo di esperti francesi di medicina legale si sono recati nel Burkina-Faso per ottenere i campioni di DNA dei famigliari delle vittime, affinché possano essere d'aiuto nell'identificazione delle salme. Inoltre, la parte tedesca ha già inviato un gruppo di esperti di medicina legale per partecipare ai lavori di identificazione. Il 26 luglio, il presidente francese, François Hollande, ha affermato che la parte francese trasporterà tutte le salme delle vittime in Francia.

Secondo la prassi internazionale, se un aereo internazionale precipita in un paese terzo, il soccorso e le indagini devono essere svolte congiuntamente da tutte le parti interessate. Tuttavia, giunti alla fase delle indagini, è evidente come la parte francese abbia preso le redini del processo investigativo, e nonostante non si conformi alla prassi, ha comunque una motivazione. Innanzitutto, tra le 118 vittime di passeggeri ed equipaggio, quelle francesi ammontano a 54 persone, pertanto la Francia ha dimostrato grande attenzione sin da principio. Tuttavia, a causa di una situazione sensibile nell'area settentrionale di Mali, in cui le attività violente tra le forze armate separatiste e del Gruppo salafita per la predicazione e il combattimento sono abbastanza frequenti, le truppe francesi subiscono grandi pressioni di attacchi terroristici sul luogo dell'incidente. Il presidente francese Hollande ha ribadito in diverse occasioni che non si può escludere alcuna ipotesi, compresa quella di attacco terroristico. In questa situazione, le indagini sull'incidente devono svolgersi secondo i più alti canoni di sicurezza persino quelli utilizzati per affrontare casi di anti-terrorismo, per cui l'alta attenzione con cui la Francia sin dall'inizio tratta l'incidente sarebbe ragionevole. Inoltre, il Burkina Faso e Mali hanno dei limiti sul sostegno tecnologico, di apparecchiature e di personale; la potenza del controllo concreto del governo di Mali nell'area settentrionale del paese è limitata, pertanto la guida dei lavori di ricerca e soccorso da parte della Francia è una scelta naturale.

Per quanto riguarda la carenza di trasparenze nelle indagini, la parte algerina ha messo in dubbio il processo di indagini compiuto dalla parte francese. L'Algeria ritiene infatti che il trasporto immediato delle scatole nere in Francia abbia creato una rottura nel quadro di ricerca, soccorso e indagine congiunta, trasformando una cooperazione multilaterale in azione unilaterale francese. Inoltre, la decisione della parte francese del trasporto tutte le salme in Francia ha provocato il malcontento della parte algerina. Secondo la consuetudine religiosa algerina, i morti devono essere seppelliti al più presto possibile nel luogo di nascita. Il 27 luglio, il Ministero degli Affari Esteri francese ha pubblicato una dichiarazione, in cui ha affermato che il ministro degli Esteri algerino, Ramtane Lamamra, ha già contattato il suo omologo francese, Laurent Fabius, auspicandosi che la parte francese possa chiarificare le precedenti parole di Hollande. Il giorno precedente, il premier algerino, Abdelmalek Sellal ha affermato che quest'indagine in merito alla caduta dell'aereo sarà effettuata congiuntamente da Algeria, Mali, Burkina Faso, Francia, Usa e Spagna.