Scuola "storica" della città di Vicenza, il Pigafetta ha alle spalle una tradizione culturale lunga più di duecento anni. Ad istituirlo fu infatti un decreto imperiale di Eugenio Beauharnais, viceré d'Italia in nome di Napoleone Bonaparte, che nel marzo del 1807 sancì la nascita del Ginnasio Liceo cittadino nell'ex convento di S. Giacomo, attualmente sede della biblioteca Bertoliana. Da qui nel giro di mezzo secolo la scuola passò prima nel palazzo del conte Trento in via Cesare Battisti, (lo stesso che attualmente ospita l'istituto bancario Unicredit), poi nell'ex convento domenicano di S. Corona, infine, nel 1860, nell'ex oratorio dei SS. Maria e Cristoforo in via S. Marcello, dove ha sede tuttora. Nel 1867 il neonato Regno d'Italia dedicava quello che fino ad allora era stato semplicemente il Regio Liceo-Ginnasio al vicentino Antonio Pigafetta, navigatore al fianco di Ferdinando Magellano nella storica impresa della circumnavigazione del globo.

Una dedica non priva di valore simbolico. Da allora, come il navigatore vicentino, il "Pigafetta" ha accompagnato la vita della città e dell'Italia, ne ha vissuto entusiasmi, speranze e drammi. Le numerose iscrizioni che segnano i suoi muri portano i nomi di tanti giovani pigafettiani caduti da volontari garibaldini nelle battaglie del Risorgimento, semplici fanti sul Carso durante la Grande Guerra, combattenti nelle campagne d'Africa e di Russia e infine da partigiani nella guerra di liberazione antifascista. Ma lungo sarebbe anche l'elenco di quanti, usciti dalle sue aule, hanno lasciato vasta impronta di sé nel mondo e nella cultura contemporanea: allievi famosi come Goffredo Parise, Renato Ghiotto, Luigi Meneghello, Antonio Giuriolo, Franco Fraccon e professori illustri come Mariano Rumor e Giuseppe Faggin, per non citare che alcuni tra gli esempi più celebri.

Da quel lontano decreto napoleonico di fondazione, la scuola ne ha percorsa di strada. I 60 alunni di duecento anni fa oggi sono diventati quasi 1300, la maggior parte dei quali ragazze. Un particolare tanto più significativo se si considera che le prime due studentesse si sono iscritte al liceo nell'anno scolastico 1903-04. Nei 150 anni di storia dell'Italia unita, prima monarchica e poi repubblicana, la "base reclutativa" si è andata sempre più allargando e con essa si è gradualmente modificata anche l'offerta della scuola.

Nel 1975 la proposta formativa del liceo si è arricchita di un nuovo indirizzo, il linguistico-sperimentale, che ha affiancato a quello classico lo studio dell'umanesimo moderno attraverso l'esplorazione delle lingue e delle letterature europee (inglese, francese, tedesca, spagnola) aprendo la scuola ad una dimensione internazionale allora unica a Vicenza.

Anche grazie all'innesto di questo indirizzo è cresciuta nel liceo la cultura dell'innovazione e dalla progettualità. In questa logica sono state introdotte nel corso degli anni Ottanta e Novanta numerose e significative innovazioni sia nell'indirizzo classico che nel linguistico. Tra queste la divisione della cattedra di lettere al ginnasio (1986), l'introduzione della terza lingua straniera nel linguistico e dell'Inglese nel triennio del classico, il potenziamento della Storia dell'Arte e della Matematica (1992). Nell'ultimo decennio l'offerta formativa si è ampliata con l'introduzione delle Scienze nel biennio del classico già dal 2008 e con la nascita nel 2004 del liceo musicale, prima all'interno del linguistico e dal 2010, con la riforma ministeriale della secondaria superiore, in forma autonoma. Dal 2006 il Pigafetta, prima scuola statale in Italia, ha introdotto l'insegnamento del Cinese come terza lingua straniera nel Linguistico in alternativa allo Spagnolo con prova finale all'esame di Stato. L'anno scorso è stato avviato all'interno del Liceo classico l'indirizzo internazionale che propone l'Inglese potenziato con 5 ore settimanali e l'introduzione di moduli in lingua inglese nell'insegnamento di Storia secondo il modello CLIL.