Attualmente le relazioni sino-giapponesi mantengono una tendenza allo sviluppo e la cooperazione pratica nei vari settori ha ottenuto risultati positivi. Tuttavia le visite consecutive del primo ministro giapponese Koizumi al Sacrario Yasukumi sono diventate importanti problemi che influenzano negativamente le relazioni politiche sino-giapponesi.

Le relazioni economiche: Cina e Giappone sono entrambi importanti partner commerciali della controparte, in particolare il Giappone è stato il maggiore partner commerciale della Cina per dieci anni consecutivi. La Cina è ormai il secondo maggiore partner commerciale e il secondo maggiore mercato del Giappone.

La cooperazione tra i due paesi nei settori scientifico, culturale e sanitario: dopo la normalizzazione delle relazioni diplomatiche sino-giapponesi le due parti hanno costituito relazioni intergovernative di cooperazione scientifica e tecnologica, firmando nel maggio del 1980 "l'Accordo sino-giapponese sulla cooperazione scientifica e tecnologica". In seguito la cooperazione e gli scambi scientifici e tecnologici tra i due paesi hanno registrato un rapido sviluppo e un continuo aumento di dimensioni, creando un quadro collegato caratterizzato da varie forme e canali, sia governativi che popolari.

Il 6 dicenbre 1979 Cina e Giappone hanno firmato "l'Accordo sino-giapponese sugli scambi culturali", acconsentendo a sviluppare gli scambi tra i due paesi nei settori culturale, dell'istruzione, accademico e sportivo. Nel 2002 i governi dei due paesi hanno deciso di tenere le attività dell'Anno della cultura cinese e dell'Anno della cultura giapponese. Inoltre le due parti hanno anche tenuto il Campeggio estivo dei giovani cinesi, giapponesi e sudcoreani, il Concorso televisivo dei giovani cinesi, giapponesi e sudcoreani, il Forum economico sino-giapponese e così via.

Attualmente nelle relazioni sino-giapponesi esistono ancora alcuni problemi delicati da trattare seriamente.

Il primo è la conoscenza della storia, un problema politico molto delicato nelle relazioni sino-giapponesi. Dal 2001 si sono verificati casi di falsificazione dei contenuti dei testi di storia e della storia dell'aggressione in Cina da parte giapponese, ignorando la realtà storica, mentre le visite consecutive di Koizumi al Sacrario Yasukumi hanno influenzato molto negativamente le relazioni sino-giapponesi.

Il secondo problema è Taiwan. È chiara la posizione della Cina sulle relazioni tra il Giappone e Taiwan, ossia non è contraria agli scambi popolari tra le due parti, tuttavia si oppone energicamente agli scambi ufficiali sotto qualsiasi forma, a "due Cine" e a "una Cina e una Taiwan", chiedendo alla parte giapponese di promettere chiaramente che Taiwan non è inclusa nell'ambito della cooperazione nella sicurezza tra il Giappone e gli Stati Uniti.

Le isole Diaoyu costituiscono il terzo problema nelle relazioni sino-giapponesi. L'arcipelago Diaoyu si trova nel Mar cinese orientale, circa 92 miglia marittime a nord della città di Jilong della provincia cinese di Taiwan, ed è formato da isolette secondarie dell'Isola di Taiwan, ossia Daioyu, Huangweiyu, Chiweiyu, le isolette meridionale e settentrionale e da alcuni scogli. Le isole Diaoyu fanno dall'antichità parte del territorio cinese e come l'isola di Taiwan sono sempre una parte inalienabile del territorio cinese. La Cina possiede l'inconfutabile sovranità sull'arcipelago e sulle acque circostanti.

La posizione cinese ha complete base storiche e legali. La Dichiarazione del Cairo rilasciata nel dicembre del 1943 da Cina, Stati Uniti e Gran Bretagna stabiliva che il Giappone doveva restituire alla Cina i territori usurpati, fra cui il Nord-Est, Taiwan e le isole Penghu. La "Proclamazione di Potsdam" del 1945 stabilì che gli articoli della Dichiarazione del Cairo dovevano essere applicati. Nell' agosto dello stesso anno il Giappone accettò la "Proclamazione di Potsdam, annunciando la resa incondizionata, il che implica la restituzione dell' isola Taiwan e delle isolette secondarie Diaoyu alla Cina da parte del Giappone.

La cooperazione nella sicurezza tra Giappone e Stati Uniti costituisce il quarto problema nelle relazioni sino-giapponesi. Nel 1996 Giappone e Stati Uniti hanno pubblicato la "Dichiarazione congiunta sulla cooperazione nella sicurezza", modificando su questa base gli "Orientamenti della cooperazione difensiva" elaborati nel 1978. Nel settembre 1997 le due parti giapponese e americana hanno ufficialmente definito i nuovi orientamenti della cooperazione nella difensa. Il 24 maggio 2004 la Dieta giapponese ha esaminato e approvato il progetto di legge sui nuovi orientamenti della cooperazione difensiva tra Giappone e Stati Uniti, il che segna il posizionamento del nuovo sistema che intensifica la cooperazione nella sicurezza tra i due paesi. In proposito l'attenzione cinese si concentra su due problemi, uno riguarda Taiwan e l'altro riguarda la direzione dello sviluppo delle forze militari giapponesi. La Cina ha espesso più volte attraverso diversi canali le gravi preoccupazioni e le posizioni relative.

Il quinto problema è il risarcimento dei danni di guerra. Durante i negoziati sulla normalizzazione delle relazioni sino-giapponesi tenuti nel 1972 il governo giapponese ha detto di voler fare un approfondito esame di coscienza sulle responsabilità dei danni causati dalla guerra di aggressione al popolo cinese. Sotto queste precondizioni, considerando gli interessi fondamentali dello Stato il governo cinese ha abbandonato la richiesta di risarcimento dei danni di guerra al Giappone, inserendola nella "Dichiarazione congiunta sino-giapponese". Nel 1978 la Terza Sessione della Quinta Assemblea Popolare Nazionale ha approvato "Il trattato di pace e amicizia tra Cina e Giappone", confermando ancora una volta in forma di documento legale la decisione di abbandonare la richiesta di risarcimento dei danni di guerra al Giappone.

Le armi chimiche abbandonate dai giapponesi in Cina costituiscono il sesto problema nelle relazioni sino-giapponesi. Durante la guerra di aggressione in Cina, violando apertamente le convenzioni internazionali, il Giappone utilizzò armi chimiche, causando una enorme quantità di feriti e morti fra i militari e civili cinesi. Una volta sconfitte, le truppe giapponesi seppellirono o abbandonarono grandi quantità di armi chimiche nelle zone in cui erano state stanziate. Sinora sono stati scoperti più di 30 siti del genere in dieci province cinesi. Col passare del tempo, queste armi si sono arrugginite, con saltuarie perdite chimiche, minacciando gravemente la vita e i beni del popolo cinese e il quadro ecologico. Dalla seconda metà degli anni '80 il governo cinese ha presentato a più riprese rimostranze al governo giapponese, chiedendo la soluzione del problema. Il 30 luglio 1999 i governi cinese e giapponese hanno approvato il Memorandum di comprensione sulla distruzione delle armi chimiche lasciate dalle truppe giapponesi in Cina. Nel documento il governo giapponese, nello spirito della Dichiarazione congiunta sino-giapponese e del Trattato di Pace e amicizia sino-giapponese, riconosce l'urgenza della soluzione di questo problema, promettendo di onorare l' impegno della distruzione stabilito dal "Trattato di interdizione delle armi chimiche". Attualmente, nello spirito del memorandum, i settori interessati dei governi dei due paesi stanno tenendo consultazioni sui metodi concreti della pronta distruzione delle armi chimiche lasciate dalle truppe giapponesi in Cina.