La mattina del 28 giugno l'esercito dell'Honduras ha iniziato un colpo di Stato militare, trattenendo il presidente Manuel Zelaya per poi trasferirlo con urgenza in Costa Rica. In seguito, la Corte suprema ha annunciato la decisione di aver destituito il presidente. Lo stesso giorno il parlamento dell'Honduras in una riunione d'urgenza, ha annunciato che il presidente dello stesso Parlamento, Roberto Micheletti, è stato eletto capo di Stato ad interim. Tutto questo è stato causato dall'escalation della crisi politica sull'emendazione della Costituzione dell'Honduras. Al momento in tutto il Paese si presenta improvvisamente una grave tensione.

Questa crisi politica in Honduras è iniziata a causa di tenere o no il referendum sull'emendazione della Costituzione. In Honduras, secondo l'attuale Costituzione, il presidente sarà scelto per elezione diretta, con un mandato di 4 anni e senza proroga. L'attuale presidente Zelaya, del Partito liberale, ha vinto con una lieve maggioranza il candidato del Partito Nazionale nelle elezioni del 2005. Giorni fa, il presidente Zelaya ha proposto di tenere un referendum il 28 giugno, per chiedere alla popolazione se è d'accordo o no di tenere un referendum ufficiale durante le elezioni presidenziali a novembre di quest'anno per stabilire una Commissione che elabori la Costituzione per emendare l'attuale. Tuttavia, la proposta ha avuto una forte opposizione del parlamento nazionale, nella Corte suprema e dell'esercito. La parte dell'opposizione afferma che Zelaya ha avanzato tale proposta prima della fine del suo mandato a gennaio prossimo per avere la riconferma come presidente sfruttando proprio l'emendazione della Costituzione e continuare, in questo modo, ad avere il potere dello Stato.

A causa della proposta del referendum del 28 giugno, il presidente Zelaya si è trovato in contrasto con gli organismi legislativi, giudiziari e l'esercito. Il 23 giugno, il parlamento dell'Honduras ha annunciato che il referendum è "illegale". Il 24 giugno Zelaya ha destituito dal suo incarico il capo di Stato Maggiore generale, Romeo Vasquez, a causa del suo atteggiamento ostruzionistico nei riguardi del referendum. Lo stesso giorno, il ministro della Difesa Edmundo Orellana e i comandanti generali della marina, dell'aeronautica e dell'esercito si sono dimessi uno dopo l'altro come protesta per la decisione di Zelaya. Il 25 giugno, la Corte suprema ha decretato che Zelaya "aspettando il primo voto del referendum" doveva ristabilire l'incarico di Romeo Vasquez. In seguito al rifiuto di Zelaya, i contrasti tra le parti sono aumentati di continuo fino al punto che l'alto magistrato, Luis Alberto Rubi, ha richiesto al parlamento di destituire il presidente.

La mattina del 28 giugno, Zelaya è stato messo in custodia dall'esercito e trasferito in Costa Rica. A San José, capitale della Costa Rica, Zelaya ha affermato ai media che egli è ancora il presidente dell'Honduras e la comunità internazionale deve aiutare questo paese a "difendere la democrazia".

Il 28 giugno, l'esercito dell'Honduras ha dichiarato di controllare già tutta la capitale Tegucigalpa, interrompendo nel frattempo tutte le comunicazioni con il mondo esterno. Un gran numero dei soldati delle truppe sono concentrate nei posti cruciali, come la Residenza Presidenziale, l'edificio del parlamento e la Corte suprema. Allo steso tempo, i sostenitori del presidente Zelaya continuano ad avere un faccia a faccia con la parte militare fuori la Residenza Presidenziale, chiedendo il rilascio di Zelaya. Per fortuna tra le due parti non è scoppiato nessun conflitto rilevante. A seguito di tutto ciò, la Corte suprema dell'Honduras ha annunciato la destituzione dell'attuale presidente Zelaya e affermato che le azioni militari di custodia ed espulsione del presidente sono legali. In seguito, il presidente del parlamento Toberto Micheletti ha convocato tutti parlamentari per tenere una riunione d'urgenza. Alla fine della riunione, è stato deciso che il presidente del Parlamento, Roberto Micheletti, sarà il capo di Stato ad interim, fino al 27 gennaio del 2010, data in cui, il suo potere sarà trasferito al nuovo presidente eletto dell'Honduras. Lo stesso giorno, la Corte suprema ha annunciato che secondo la Costituzione e i tempi prestabiliti, le elezioni presidenziali si terranno il 29 novembre di quest'anno, secondo la data prestabilita.